Wednesday, May 25, 2016

Computing Significance of Overlap between Two Sets using Hypergeometric Test

There are many cases where we have two sets (e.g. under two different conditions) of things such as transcripts, genes or proteins and we want to compute the significance of the overlap between them. Hypergeometric test is very simple and widely used option for such cases.

I'll use the phyper function in R but you can use the same idea in SciPy (Python).

Let's say you have from 200 genes (A);

  • 10 genes common or overlapping (set B ∩ set C)
  • 25 genes in set B
  • 50 genes in set C
  • 135 genes not in set B or set C


To compute the significance of overlap use;

phyper(10, 50, 200 - 50, 25, lower.tail = FALSE)
[1] 0.0214406

So, if your threshold for p-value is 0.05 (or 5%), then you can say the overlap is significant.

Tuesday, May 10, 2016

ODTÜ Enformatik Enstitüsü'nün 20. Yılı Etkinliği

ODTÜ Enformatik Enstitüsü kuruluşunun 20. yılını bir bilim festivaliyle kutluyor. 16 Mayıs 2016'da, ODTÜ Kültür ve Kongre Merkezi'nde gerçekleştirilecek olan bilim festivaline herkes davetlidir!

Bilime, sanat ve müziğin de eşlik edeceği bu festivalde aşağıdaki ana konuşmacılar yer alacaktır:

  • Prof. Dr. Jennifer Hayes
    New England Microsoft Araştırma ve New York Microsoft Araştırma yönetici ve eş kurucu
  • Assoc. Prof. Claudio Ferretti
    Milano-Bicocca Üniversitesi, Bilgisayar Bilimi, Sistemleri ve İletişimi
  • Dr. Christian Borgs
    Araştırmacı, New England Microsoft Araştırma vekil yönetici ve eş kurucu


Etkinlik programı