Monday, June 18, 2012

DKFZ - Heidelberg Biyoenformatik Birimi'nde Staj

Erasmus programıyla yapıyor olduğum yaz stajı başladı. İlk olarak birimi yöneten bilim insanlarından birkaç saatlik tanıtım dersi aldım. Bu derste birimin kısa tarihi, birimin günümüze kadar yaptıkları projeler ve bunlarin ayrintilari konusunda bilgiler aldım.

Biyoenformatik Birimi DKFZ'nin (Deutsches Krebsforschungszentrum -- ing. German Cancer Research Center) bir çekirdek tesisi olan Genomik ve Proteomik Çekirdek Tesisi'ne bağlı bir grup. İsimleri aynı zamanda HUSAR (Heidelberg Unix Sequence Analysis Resources) ve bu isim grubun geliştirdiği dizi analizi yapma paketinin de adı olarak kullanılıyor. HUSAR hem komut satırından hem de web üzerinden yönetilebiliyor.

Adından da anlaşılacağı gibi HUSAR Unix sisteminde çalışan bir yazılım paketi. Bu yüzden her ne kadar web arayüzü olsa da üzerinde çalışmak için Unix'i öğrenmem gerekecek. Daha önce hiçbir Unix işletim sistemi kullanmadığım için ilk gün labda bulunan CentOS dağıtıcısının işletim sistemini anlamaya keşfetmeye çalıştım.

Son olarak ilk günde SRS (Sequence Retrival System) hakkında konuştuk. SRS, HUSAR'in kullandığı hızlı, kolay ve kullanıcı dostu bir data alma sistemi. Bu sistem 90'dan fazla herkese açık veri tabanına bağlanabiliyor. Böylece farkli veri tabanlarını kullanarak sorgular yapılabiliyor.

2 comments:

mirror said...

kolay gelsin güngör :)

Güngör Budak said...

Teşekkür ederim. :)