Thursday, June 21, 2012

BWA (Burrows-Wheeler Aligner) Hizalayıcı - Eşleştirici

Önceki yazımda belirttiğim gibi bir eşleştirici (aligner ya da mapper) kullanarak elimdeki verinin referans genomu ile ne derece eşlestiğini bulmaya çalışacağım. Daha sonra eşleşmeyen kısmıyla birtakım analizler yapacağım.

BWA (Burrows-Wheeler Aligner) görece kısa dizilimleri insan genomu gibi uzun referans genomlarıyla eşleştiren bir program. 200bp (bp: baz çifti) uzunluğuna kadar bwa-short algoritması, 200bp - 100kbp arası ise BWA-SW algoritması kullanılıyor.

Hizalayıcı - eşleştirici seçmede birçok faktör rol oynuyor. Birçok bu tip araç var ve farklı özelliklere sahipler. Bunlar performans ve hassasiyet (accuracy) özelliklerine göre değişiyor. Ayrıca hassasiyet, yapısal varyasyonları (structural variations - SVs) da etkiliyor.

İleride bu programın özelliklerine daha fazla değineceğim.

No comments: