Saturday, March 17, 2012

Biyoinformatik mi? Yoksa Biyoenformatik mi?

Yazılarıma konu ararken kitaplarla birlikte interneti de karıştırıyorum. Yabancı kaynaklar elbette fazlaca var ve yeterliler, ancak Türkçe kaynaklara baktığımda ilk gözüme çarpan bu alanın isminin farklı kullanımları oldu.

Biliyorsunuz, İngilizcede bu alana bioinformatics deniyor. Gayet normal, çünkü İngilizcede informatics "ics" eki ile birlikte information sözcüğünden geliyor. Bu sözcük ise Latince kökene sahip1. Enformatik sözcüğü Türkçeye, Fransızcadan informatique sözcüğünden, "enformatik" olarak gelmiş, ayrıca bilişim olarak da Türkçesi önerilmiş2. Elbette bu Fransızca sözcük de İngilizcesi ile aynı kökene sahip.

Bu birkaç etimolojik bilgiden sonra, biyoinformatik sözcüğünün hatalı bir aktarma olduğunu görebiliriz. Doğru kullanım "biyo" ön eki ile enformatik kelimesinin birleşiminden oluşan biyoenformatik sözcüğü olacaktır.

İlginç bir not ise, Google'ın biyoenformatik aramasını "biyoinformatik mi demek istediniz" diyerek düzeltmesi tüm bunlardan şüphe duymamıza neden olabiliyor. Umarım Google da bu durumu düzeltecek bir adım atacak.

Peki, neden TDK'nin önerisi bilişim sözcüğünü kullanmıyoruz? Ne yazık ki, bunu tartışacak kadar dil bilgim yok ve alanı da bu kadar fazla tanımıyorum. Ama bu, bilişim kelimesinin zaten henüz çok fazla kullanımda olmamasından dolayı olabilir.

Kaynaklar
1. Wiktionary: information, http://en.wiktionary.org/wiki/information
2. TDK Güncel Türkçe Sözcük, http://www.tdk.gov.tr

7th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics

7. Sağlık Enformatiği ve Biyoenformatik üzerine Uluslararası Sempozyumu, 7th International Symposium on Health Informatics and Bioinformatics (HIBIT 2012), ilk kez 2005'te ODTÜ Enformatik Enstitüsü tarafından düzenlenmiş ve Sağlık Enformatiği, Tıbbi Enformatik, Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoenformatik alanlarında akademisyenleri ve araştırmacıları bir araya getirmeyi ve bu alanlar hakkında yapılan çalışmaların sunulmasına ortam sağlamayı ve çalışmalar üzerine interaktif bir şekilde değerlendirmeler yapmayı amaçlamaktadır.

Bu sene, 19-22 Nisan 2012'de Ürgüp, Nevşehir Perissia Hotel'de düzenlenecek olan HIBIT 2012 organizasyonu ODTÜ, ODTÜ Enformatik Enstitüsü, ODTÜ Biyolojik Bilimler Bölümü ve ODTÜ Bilgisayar Mühendisliği Bölümü partnerliği ile gerçekleştirilmektedir.

Bu sempozyum ile ilgili tüm ayrıntıları, programı, önemli tarihleri, kayıt sayfasını, resmi web sitesinden öğrenebilirsiniz.

Friday, March 16, 2012

Hoş Geldim! Hoş Geldiniz!

Merhabalar,

Biyoloji alanında özel olarak ilgi alanım olan ve daha fazla keşfetmem, üzerine çok şey öğrenmem gereken Biyoenformatik'i, bu blog aracılığıyla (olası ziyaretçilerimle birlikte) öğreneceğim. İlk yazımı biraz önce Biyoenformatik'in çeşitli otoriteler tarafından yapılan tanımları ile tamamladım. Daha sonra, Biyoenformatik'te geçen birçok ilkelerin tanımlarından da bahsetmek istiyorum. Ayrıca, Biyoenformatik hakkında yazılım dilleri, istatiksel yöntemler de yazılarımın konularını oluşturacak. Aynı zamanda Biyoenformatik ile ilgili haberlere de yer vermek ve bu haberlerle en son gelişmeleri takip etmeyi (ettirmeyi) planlıyorum.

Umuyorum, yeterli zamanı ve gücü bulacağım ve elimden geldiğince dolu dolu, güncel bir blog yaratabileceğim. Ve umarım bu blog, Biyoenformatik ile ilgilenen diğer arkadaşlarım için de yol gösterici olacaktır.

Giriş yazım da bu olsun. :)

Tekrar görüşmek üzere!

Biyoenformatik Nedir? Biyoenformatik'in Tanımı

Birçok organizmanın ve son olarak da 2001'de insan genomunun çıkarılmasıyla, tüm 3 milyar baz çiftinin diziliminin elde edilmesiyle, karşımıza bu bilgiyi farklı şekillerde kullanacak olan alanlar çıktı.Bu genleri anlamaya çalışan, bu genlerden oluşacak proteinleri belirlemeye çalışan alanların yanında bu bilginin analizini yapma ihtiyacı da Biyoenformatik alanını doğurdu.

Biyoenformatik, biyolojik bilginin bilgisayarlar ve istatistiksel teknikler kullanılarak analiz edilmesidir; başka bir deyişle, biyoenformatik, biyolojik araştırmaları iyileştirmek ve hızlandırmak için bilgisayar veri tabanları ve algoritmaları geliştirme ve onlardan yarar sağlama bilimidir1.

NCBI (National Center for Biotechnology Information) Biyoenformatik'i şöyle tanımlamıştır: "Biyoenformatik, Biyoloji, Bilgisayar Bilimi ve Bilişim Teknolojisi bilimlerinin tek bir disiplinde birleşme alanıdır. Bu alanın nihai hedefi, yeni biyolojik keşiflere olanak sağlamak ve Biyoloji'deki birleştirici ilkelerin ayırt edilebileceği evrensel bir bakış açısı yaratmaktır. Biyoenformatik'te üç tane alt-disiplin vardır; geniş veri setleri arasındaki ilişkileri belirleyecek yeni algoritmaların ve istatiklerin geliştirilmesi, nükleotid, amino asit dizilimleri, protein domainleri ve protein yapıları gibi çeşitli türde verilerin analizi ve yorumlanması, farklı türde bilginin yönetimine ve bunlara etkili erişimine olanak sağlayacan araçların geliştirilmesi ve uygunlanması bu alt-disiplinlerdir."2.

NIH (National Institute of Health) Biomedical Information Science and Technology Initiative Consortium'a göre ise Biyoenformatik'in tanımı biyolojik, tıbbi, davranışsal ya da sağlık verilerinin, ve bu verilerin alınması, saklanması, organize edilmesi, arşivlenmesi, analiz edilmesi ve görselleştirilmesini içeren, bilgisayar araçlarının ve yaklaşımlarının araştırılması, geliştirilmesi ya da uygulanmasıdır3.

Kaynaklar
1. Definition of Bioinformatics
http://www.roseindia.net/bioinformatics/definition_of_bioinformatics.shtml
2. Bioinformatics
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/MLACourse/Modules/MolBioReview/bioinformatics.html
3. NIH WORKING DEFINITION OF BIOINFORMATICS AND
COMPUTATIONAL BIOLOGY
http://www.bisti.nih.gov/docs/CompuBioDef.pdf